Förenklat kan man säga att kommunen har en politisk nivå där de folkvalda fattar beslut i alla större frågor, till exempel budget och verksamhetsmål.

På en förvaltande nivå arbetar tjänstemän med att göra verklighet av de politiska besluten. Kommunstyrelsen och nämnderna har förvaltningar med kommunanställda. Totalt har Mjölby kommun cirka 2 200 anställda.

I Mjölby kommun finns också flera kommunala bolag.