Miljökontoret, som lyder under miljönämnden, är gemensamt för Mjölby och Boxholms kommuner.
Miljökontoret bedriver tillsyn inom områdena miljöskydd, hälsoskydd och livsmedel. Miljökontoret arbetar även med naturvård, energi- och klimatrådgivning samt hållbar utveckling. Information till företag och allmänhet är en viktig del av det förebyggande arbetet.